发生微生物污染的反渗透膜系统，化学清洗后还需要进行系统的消毒处理。反渗透膜系统可选的消毒方式有如下几种:

DBNPA消毒

BNPA(2,2-双溴代-3-次氮基-丙酰胺）是一种高效、非氧化性的杀菌剂，广泛应用于膜系统的杀菌消毒。在生物活动旺盛的夏季，膜系统消毒的频率要求更高，约3~5天/次;而在生物活动非旺盛的冬季，消毒的频率可以稍低一些，通常6-8天/次;系统最佳的消毒频率应根据系统实际运行情况来确定。

用DBNPA消毒时，投加的量取决于系统微生物污染的严重程度。当系统存在生物膜污染时，建议投加30ppm的活性成分连续处理3小时以上，并用碱性清洗液配合清洗;对于生物活动低的水源，可以采用短暂加药的方式，每5天加入10~30ppm活性成分处理30分钟到3小时。

过氧化氢消毒

膜系统也可以用过氧化氢溶液进行杀菌与消毒。由于过氧化氢有较强的氧化性，与膜元件长时间的接触可能会降低膜的脱盐率，因此仅可进行短时间的接触，并且确保在接触前膜元件及系统中不存在铁和其它过渡金属。建议采用浓度小于0.2%的过氧化氢溶液，在25℃以下浸泡或者冲洗膜元件2~12小时。

甲醛消毒

使用甲醛消毒时必须在膜元件连续运行至少24小时以后，否则会造成膜元件产水量的衰减。经过24小时的初始运行后，可以使用3%以下浓度的甲醛水溶液对膜元件或者系统进行短暂或者长时间的冲洗或者浸泡。